国家卫生健康委员会联合教育部等有关部门对肖某董某莹事件进行了全面深入调查。在中央纪委国家监委驻国家卫生健康委员会、驻教育部纪检监察组的指导下，北京市有关部门通过谈话、调阅原始资料等方式，组织专家组对北京协和医学院“4+4”试点班项目进行评估，查明事实，并对违规违纪违法等问题严肃追责问责。

调查发现，中日友好医院存在医疗质量安全管理、医德医风建设相关制度不健全、落实不到位的问题。副院长崔某及胸外科主任梁某阳等人履行责任不力。2019年4月，北京协和医学院教务处马某未辨别出董某莹提供的伪造成绩单。此外，董某莹在实习期间，主治医师邴某兴私自安排其参与手术并提供不实宣传素材。董某莹的导师邱某兴指定吴某和吴某宏负责其科研训练和论文指导，但其学位论文与开题报告不一致，且题目变更未履行审批手续。吴某宏作为论文指导老师同时担任答辩委员会成员，违反了学校规定。北京协和医学院副院校长张某管理责任不力。北京协和医院骨科主任仉某国为董某莹调整住院医师规范化培训轮转计划提供了便利。北京协和医学院、北京协和医院、中国医学科学院肿瘤医院对学生和工作人员发表学术论文管理不严格，导致董某莹在校期间存在重复发表和不当署名行为。

关于董某莹成绩单造假和学位论文抄袭剽窃问题，调查发现，2019年1月，北京科技大学班某娟通过李某宽为董某莹伪造成绩单用于报名资格申请。2023年初，班某娟安排团队教师马某渊为董某莹撰写博士学位论文提供帮助，马某渊将某硕士研究生的过程稿发给董某莹，为其抄袭剽窃提供便利，班某娟知情后默许。

根据调查结果，依据相关规定，对有关责任人员和机构进行了严肃追责问责。具体包括给予中日友好医院副院长崔某诫勉；给予北京协和医学院副院校长张某党内严重警告处分；给予胸外科主任梁某阳党内警告、记过处分；给予护理部副主任张某警告处分；给予脊柱外科主任移某诫勉；给予教务处处长马某降低岗位等级处分，免职处理；给予骨科主任仉某国诫勉；给予胸外科主治医师邴某兴降低岗位等级处分；给予导师邱某兴批评教育；给予吴某科研诚信诫勉谈话；给予邢某增科研诚信诫勉谈话；给予宋某科研诚信诫勉谈话；给予班某娟留党察看一年、撤职处分，取消研究生指导教师资格，调离教师岗位；给予李某宽党内严重警告、记过处分，免职处理；给予马某渊党内严重警告、记过处分，暂停研究生招生资格两年；给予宁某钧诫勉。