印度和巴基斯坦之间的武装冲突导致许多航空公司出于安全考虑改变了航班航线或取消了航班。5月7日，印度对巴基斯坦多个地区发动导弹袭击，巴基斯坦则声称击落了5架印度战斗机，使两国领空尤其是巴基斯坦的领空变得非常危险。

冲突爆发后，超过20架国际航班被迫改道以避开巴基斯坦领空。航空数据网站FlightRadar24的消息显示，截至当天上午，累计有52个从巴基斯坦出发或前往巴基斯坦的航班被取消。巴军方发言人称，在印度发起袭击时，巴基斯坦领空还有57个正在运营的航班。印度方面也受到严重影响，关闭了多个机场，导致大量印度航空、靛蓝航空、香料航空和阿卡萨航空的航班被取消。航班跟踪网站的信息表明，冲突爆发后在印度西北部空域和整个巴基斯坦领空内几乎没有民航飞机飞行。

业内人士指出，由于航空公司对旗下飞机的运营计划安排得非常复杂和精确，取消航班会对航空公司造成巨大影响。台湾地区的长荣航空表示，将调整往返于当地和欧洲的航班，以避开受印巴冲突影响的空域。此前一架从维也纳起飞的该公司航班已经返航，另一架从台北飞往米兰的航班也将在改道后先前往维也纳加油再继续飞往目的地。中华航空表示其往返于台湾和伦敦、法兰克福、罗马等地的部分航班被取消，有的航班不得不在曼谷和布拉格短暂停留，加油并更换机组人员后再改道飞行。

韩国大韩航空也已改变从首尔和仁川前往迪拜的航班航线，新航线将经过缅甸、孟加拉国和印度南部，不再经过巴基斯坦领空。泰国航空也表示将改变其飞往欧洲和南亚国家航班的具体航线。越南航空称印度和巴基斯坦之间的冲突影响了其原定飞行安排，并会在稍晚发布更新后的具体安排。此外，法国航空和汉莎航空也修改了旗下航班航线，避免经过巴基斯坦。

取消航班和采取绕行航线无疑会对航空公司造成损失。考虑到俄乌冲突爆发后，许多航空公司已经不再让航班途经俄罗斯领空，目前爆发的印巴冲突会让航司的航线选择空间变得更少，运营成本更高。亚太航空协会在一份公开声明中表示，除了成本提升和运营中断的问题之外，安全问题同样令人担忧。误入战区的民航飞机可能会遇到GPS信号被欺骗干扰的问题，这可能导致民航飞机偏离航线，进而遭遇危险。